1961年10月，吴旗县档案馆成立，隶属中共吴旗县委；1968年9月，档案工作归县委办管理；1979年，县档案馆恢复；1980年8月，成立吴旗县档案局，与县档案馆合署办公，一套人马两块牌子。1993年11月，撤销吴旗县档案局，保留档案馆，将县委党史研究室、县地方志办公室并入县档案馆，隶属县政府办管理；1996年4月，恢复县档案局，与档案馆合署办公，为县委和县政府下属事业单位，归县委管理，正科级建制，编制14人；2002年，县档案局（馆）由县委、县政府直属事业单位变为具有行政职能的事业单位，由县委办公室代管；2013年12月，县档案局（馆）编制19人；2019年12月，将档案局查处档案违法案件、监督指导档案管理工作等行政职能划入县委办承担，保留县档案馆机构，加挂县地方志编纂室、县党史研究室牌子，事业性质，科级建制，财政全额拨款，隶属县委办管理，核定事业编制17名，有工作人员20人，设馆长1名、副馆长2名，退二线人员2名。

吴起县档案馆馆藏21917卷，226683件，其中文书档案17186卷，208524件，人事档案882卷，人口普查档案211卷，工业普查39卷，区划档案285卷，会计档案2258册，土地建包档案1354卷，审计业务档案4528卷，革命历史档案338卷，实物档案513件，重大活动档案1058件，土地确权档案25008件。